HorticRes基于新型基因分型

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椰子(CocosnuciferaL.)是许多热带国家最重要的经济作物之一。它被视为“生命之树”和热带地区的象征，由于其种类繁多的可食用和不可食用的产品而具有经济价值。传统上，椰子的遗传多样性评估基于形态特征表征，椰子的育种是通过常规方法进行的，该方法费时费力，且由于环境因素和可用的表型标记数量有限而效率低下。DNA标记物丰富、高度多态且不受环境影响，因此可以帮助克服这些限制。椰子中DNA标记的发展为标记辅助选择(MAS)应用于分子育种提供了潜力。尽管数十年来已证明SSR标记可用于椰子研究，但目前验证的SSR标记数量有限。因而，缺乏完整的参考基因组和可用的DNA标记的局限性阻碍了基因组研究和椰子的分子育种。近日，HorticultureResearch在线发表了泰国艺术大学的KanamonRiangwong等人的题为Miningandvalidationofnovelgenotyping-by-sequencing(GBS)-basedsimplesequencerepeats(SSRs)andtheirapplicationfortheestimationofthegeneticdiversityandpopulationstructureofcoconuts(CocosnuciferaL.)inThailand的研究论文。尽管SSR标记具有许多优点，但基因组SSR鉴定和随后的标记转换曾是昂贵且费时的技术。由于二代测序技术的出现，目前基因组SSR挖掘和标记开发变得快速且廉价。由于其适应性强，GBS对植物育种和遗传研究产生了重大影响。无论目标物种是什么，该方法都可以提供准确的结果，并且不需要以前的基因组信息。在这项研究中，研究者使用IlluminaGBS的椰子基因组测序数据鉴定了SSR，并开发了新的SSR标记。总共鉴定了个SSR基因座，并获得了这些基因座的PCR引物。根据标记的多样性，建议将其中的个标记用作潜在的SSR标记集。合成了一百对PCR引物用于选定的基因座，并在40种不同的椰子种中进行了测试；74个标记被证明是多态的。这些标记物被证明可用于评估泰国椰子种的遗传多样性，并可用于其他椰子种质。Fig.4Heatmaphierarchicalclusteringofthegeneticdistancecalculatedbasedondissimilaritymatrixof40coconutaccessions

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